A Coleção de Culturas de Microrganismos do Departamento de Antibióticos (UFPEDA) teve seu início em 1951, com culturas trazidas do México pelo Professor Oswaldo Gonçalves de Lima. O acervo inicial era de cerca de 200 linhagens, formado por eubactérias, leveduras e actinomicetos, com predominância do gênero Streptomyces. Com a Fundação do Instituto de Antibióticos, em 08 de março de 1952, a coleção foi consolidada, tendo como função principal a preservação de microrganismos produtores de antibióticos, isolados e identificados por pesquisadores do próprio Instituto e de outras instituições.

A Coleção de Microrganismos do Departamento de Antibióticos encontra-se cadastrada no “World Federation Culture Collections -World Data Center on Microorganisms”, com o número 114, sendo suas culturas reconhecidas pela sigla UFPEDA. Atualmente, a Coleção dispõe de um acervo catalogado com aproximadamente 5.000 linhagens microbianas, com predominância de bactérias da ordem Actinomicetales.